COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 19.991746 19.991746 19.130439
2021-03-10 17:00:00 18.528103 18.528103 19.075951
2021-03-09 17:00:00 18.234952 18.234952 18.926046
2021-03-08 17:00:00 23.345480 19.084250 18.927941
2021-03-07 17:00:00 19.084250 19.084250 18.803634
2021-03-06 17:00:00 19.662164 19.662164 18.684383
2021-03-05 17:00:00 18.735969 18.735969 18.627587

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 19.029734 19.029734 15.506673
2021-03-10 17:00:00 12.375250 12.375250 16.011069
2021-03-09 17:00:00 10.042965 10.042965 15.985073
2021-03-08 17:00:00 11.736887 11.736887 15.149310
2021-03-07 17:00:00 15.472860 15.472860 15.117950
2021-03-06 17:00:00 19.820628 19.820628 14.936083
2021-03-05 17:00:00 9.448662 16.469359 14.988753

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 15.680166 15.680166 15.820100
2021-03-10 17:00:00 14.411028 14.411028 15.867948
2021-03-09 17:00:00 16.077739 16.077739 15.810194
2021-03-08 17:00:00 12.962963 14.953271 15.361953
2021-03-07 17:00:00 16.161616 16.161616 15.099223
2021-03-06 17:00:00 16.542751 16.542751 14.893720
2021-03-05 17:00:00 16.683622 16.683622 14.673102

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 12.861137 9.644269 8.821583
2021-03-10 17:00:00 10.703480 10.703480 8.853643
2021-03-09 17:00:00 6.699640 6.699640 8.711023
2021-03-08 17:00:00 8.113036 3.683775 8.606946
2021-03-07 17:00:00 10.439560 10.439560 8.609338
2021-03-06 17:00:00 10.900298 10.900298 8.564232
2021-03-05 17:00:00 9.785472 9.785472 8.550170

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 17.080158 17.080158 17.798922
2021-03-10 17:00:00 19.677022 19.677022 17.645767
2021-03-09 17:00:00 19.347236 19.347236 17.635727
2021-03-08 17:00:00 25.480471 17.569233 17.663680
2021-03-07 17:00:00 15.184768 15.184768 17.484574
2021-03-06 17:00:00 19.325675 19.325675 17.328619
2021-03-05 17:00:00 16.824532 16.824532 17.296774

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 39.913019 39.913019 39.493756
2021-03-10 17:00:00 30.563041 30.563041 39.003245
2021-03-09 17:00:00 43.075013 43.075013 38.651065
2021-03-08 17:00:00 61.473554 61.473554 38.261105
2021-03-07 17:00:00 38.498362 38.498362 37.830630
2021-03-06 17:00:00 43.122081 43.122081 37.304888
2021-03-05 17:00:00 40.218065 32.040639 36.939380

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 21.973392 21.973392 21.697135
2021-03-10 17:00:00 22.795472 22.795472 21.476233
2021-03-09 17:00:00 22.964670 22.964670 21.015453
2021-03-08 17:00:00 24.599881 24.599881 20.787220
2021-03-07 17:00:00 20.601238 20.601238 20.519798
2021-03-06 17:00:00 20.288521 20.288521 20.242550
2021-03-05 17:00:00 20.300937 20.300937 19.882317

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 7.791870 7.791870 7.135442
2021-03-10 17:00:00 7.356997 7.356997 7.153312
2021-03-09 17:00:00 7.152854 7.152854 7.100606
2021-03-08 17:00:00 13.821903 5.824906 7.014924
2021-03-07 17:00:00 7.087133 7.087133 6.985499
2021-03-06 17:00:00 6.583825 6.583825 6.964162
2021-03-05 17:00:00 7.073612 7.073612 6.995593

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 13.115285 13.115285 11.727474
2021-03-10 17:00:00 11.728395 11.728395 11.853672
2021-03-09 17:00:00 9.590101 9.590101 11.954295
2021-03-08 17:00:00 17.282958 8.040389 12.101160
2021-03-07 17:00:00 14.253898 14.253898 12.067454
2021-03-06 17:00:00 11.034483 11.034483 12.168638
2021-03-05 17:00:00 13.223787 13.223787 12.292276

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 34.705987 34.705987 33.099568
2021-03-10 17:00:00 32.687759 32.687759 32.979956
2021-03-09 17:00:00 35.790027 35.790027 33.076233
2021-03-08 17:00:00 28.340929 28.340929 32.912502
2021-03-07 17:00:00 31.827723 31.827723 32.581594
2021-03-06 17:00:00 34.703140 34.703140 32.401059
2021-03-05 17:00:00 31.996561 31.996561 32.172859

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 21.284955 21.284955 20.835520
2021-03-10 17:00:00 18.840890 18.840890 20.557903
2021-03-09 17:00:00 10.620136 21.190058 19.782955
2021-03-08 17:00:00 20.173410 19.320545 19.707155
2021-03-07 17:00:00 24.433611 24.433611 19.623110
2021-03-06 17:00:00 19.078047 19.078047 19.095294
2021-03-05 17:00:00 21.953826 21.953826 18.865578

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 12.068966 12.068966 9.869082
2021-03-10 17:00:00 6.762468 11.235955 9.760438
2021-03-09 17:00:00 5.442177 5.442177 9.520503
2021-03-08 17:00:00 8.215962 8.215962 9.606417
2021-03-07 17:00:00 7.985697 7.985697 9.871335
2021-03-06 17:00:00 7.424242 7.424242 9.846531
2021-03-05 17:00:00 16.193853 16.193853 10.058801

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 66.123779 66.123779 67.628528
2021-03-10 17:00:00 52.722772 52.722772 67.871595
2021-03-09 17:00:00 81.651376 81.651376 69.242935
2021-03-08 17:00:00 61.538462 148.951049 69.360937
2021-03-07 17:00:00 34.932821 34.932821 68.534856
2021-03-06 17:00:00 203.738318 203.738318 68.957900
2021-03-05 17:00:00 63.888889 63.888889 69.030511

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 72.834646 72.834646 53.198625
2021-03-10 17:00:00 64.490446 64.490446 53.052606
2021-03-09 17:00:00 28.063241 28.063241 52.753051
2021-03-08 17:00:00 34.728033 34.728033 53.893227
2021-03-07 17:00:00 56.468172 56.468172 54.957333
2021-03-06 17:00:00 53.731343 53.731343 55.678927
2021-03-05 17:00:00 59.183673 59.183673 57.364290

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 21.996969 21.996969 20.141940
2021-03-10 17:00:00 22.144374 22.144374 20.153650
2021-03-09 17:00:00 19.120713 19.120713 19.976367
2021-03-08 17:00:00 28.173590 12.887473 20.131173
2021-03-07 17:00:00 23.400061 23.400061 20.158270
2021-03-06 17:00:00 18.832055 18.832055 20.106739
2021-03-05 17:00:00 16.878604 16.878604 19.976412

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 28.546471 28.546471 29.124044
2021-03-10 17:00:00 23.201890 23.201890 29.205863
2021-03-09 17:00:00 21.617079 21.617079 28.447323
2021-03-08 17:00:00 21.146315 45.781417 28.683188
2021-03-07 17:00:00 53.946754 53.946754 28.385366
2021-03-06 17:00:00 30.495579 30.495579 28.034245
2021-03-05 17:00:00 27.175163 27.175163 27.600826

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 6.037736 4.009434 3.872139
2021-03-10 17:00:00 3.137066 3.137066 3.912430
2021-03-09 17:00:00 7.097715 4.132231 3.903320
2021-03-08 17:00:00 7.142857 3.305785 3.912532
2021-03-07 17:00:00 4.752376 4.752376 3.913441
2021-03-06 17:00:00 3.965236 3.965236 3.916979
2021-03-05 17:00:00 3.641571 3.641571 3.918634

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 13.686354 13.686354 12.862184
2021-03-10 17:00:00 13.587488 12.791472 12.705767
2021-03-09 17:00:00 13.452408 13.452408 12.636448
2021-03-08 17:00:00 12.055243 12.055243 12.430926
2021-03-07 17:00:00 12.814238 12.814238 12.198609
2021-03-06 17:00:00 12.827736 12.827736 11.996814
2021-03-05 17:00:00 11.988912 11.988912 11.843717

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 9.880853 9.880853 9.847572
2021-03-10 17:00:00 10.227003 10.227003 9.775046
2021-03-09 17:00:00 8.704348 9.606036 9.726102
2021-03-08 17:00:00 13.015749 9.608930 9.598429
2021-03-07 17:00:00 10.085597 10.085597 9.548308
2021-03-06 17:00:00 10.021702 10.021702 9.477787
2021-03-05 17:00:00 9.608930 9.608930 9.466728

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 28.818737 28.818737 27.657389
2021-03-10 17:00:00 25.583405 25.583405 27.620185
2021-03-09 17:00:00 19.446773 23.721710 28.290153
2021-03-08 17:00:00 33.600000 30.962801 28.533120
2021-03-07 17:00:00 27.657143 27.657143 28.516083
2021-03-06 17:00:00 27.717924 27.717924 28.531729
2021-03-05 17:00:00 32.275711 32.275711 28.765933

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 16.019417 16.019417 8.006653
2021-03-10 17:00:00 6.825939 6.825939 7.762996
2021-03-09 17:00:00 4.371585 4.371585 7.620977
2021-03-08 17:00:00 55.555556 20.370370 7.509396
2021-03-07 17:00:00 2.491103 2.491103 7.325867
2021-03-06 17:00:00 4.776119 4.776119 7.209696
2021-03-05 17:00:00 24.193548 24.193548 7.247763

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-11 17:00:00 31.084337 31.084337 33.622564
2021-03-10 17:00:00 31.592795 31.592795 33.682394
2021-03-09 17:00:00 28.832706 28.832706 33.545792
2021-03-08 17:00:00 32.827407 64.483955 32.846083
2021-03-07 17:00:00 33.252165 33.252165 32.589010
2021-03-06 17:00:00 28.400074 28.400074 32.365986
2021-03-05 17:00:00 34.573857 34.573857 32.206557

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 19.029734 19.029734 15.506673
Basilicata 15.680166 15.680166 15.820100
Calabria 12.861137 9.644269 8.821583
Campania 17.080158 17.080158 17.798922
Emilia-Romagna 39.913019 39.913019 39.493756
Friuli Venezia Giulia 21.973392 21.973392 21.697135
Lazio 7.791870 7.791870 7.135442
Liguria 13.115285 13.115285 11.727474
Lombardia 34.705987 34.705987 33.099568
Marche 21.284955 21.284955 20.835520
Molise 12.068966 12.068966 9.869082
P.A. Bolzano 66.123779 66.123779 67.628528
P.A. Trento 72.834646 72.834646 53.198625
Piemonte 21.996969 21.996969 20.141940
Puglia 28.546471 28.546471 29.124044
Sardegna 6.037736 4.009434 3.872139
Sicilia 13.686354 13.686354 12.862184
Toscana 9.880853 9.880853 9.847572
Umbria 28.818737 28.818737 27.657389
Valle d'Aosta 16.019417 16.019417 8.006653
Veneto 31.084337 31.084337 33.622564

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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